توالی یابی ژنوم با استفاده از روش های جدید ساخت گراف رشته
پایان نامه
- وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه مازندران - دانشکده ریاضی
- نویسنده امید رنجبر
- استاد راهنما رضا ندیمی
- سال انتشار 1394
چکیده
در این پژوهش قصد داریم شیوه های مختلف و راهکارهای گوناگون ساخت گراف های رشته را مورد مطالعه و بررسی قرار دهیم. گراف های رشته در حقیقت خود یک شکل بهینه شده از گراف های همپوشان هستند. گراف های رشته و همپوشان توسط رشته هایی موسوم به خوانش موجود در ژنوم موجود زنده، توالی ژنوم را تعیین می کنند. در این زمینه به دلیل حجم داده ای بالا و لزوم ذخیره سازی سریع آنها، روش های متفاوتی با زمان های اجرای مختلف به منظور تعیین توالی ارائه می شود. به منظور تعیین توالی ژنوم دو مرحله ی اساسی پیش رو داریم: ابتدا می بایستی گراف مورد نظر حاصل از رشته های خوانش را ساخته و سپس توالی مورد نظر را برای پیدا کردن ژنوم محاسبه کنیم.
منابع مشابه
بررسی تنوع ژنتیکی ماهی سفید (Rutilus kutum (Kamensky, 1901 برخی از رودخانه های حوضه جنوبی دریای خزر با استفاده از توالی یابی ژن سیتوکروم b ژنوم میتوکندریایی (mtDNACytb)
در این بررسی 15 نمونه ماهی سفید (Rutilus kutum) از رودخانه های قره سو، گرگان رود (استان گلستان)، گهرباران، تجن و سفیدرود (استان مازندران) صید شدند. استخراج DNA با روش فنل-کلروفرم از بافت باله ماهیان انجام شد. به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی ماهی سفید از ژن سیتوکروم b استفاده شد. تکثیر ژن سیتوکروم b با استفاده از پرایمرهای اختصاصی طراحی شده بر اساس توالی های موجود در بانک ژن صورت گرفت. طول 785 جفت ...
متن کاملمونتاژ ژنوم با استفاده از داده های حاصل از نسل جدید تکنیک های توالی یابی، با احتساب تکرارهای موجود در ژنوم
کلیه خصوصیات و صفات موجودات زنده، از ماده ژنتیکی آن ها نشات می گیرد. لذا شناسایی و کشف ترتیب و نوع عناصر سازنده این ماده، اساس بسیاری از علوم را تشکیل می دهد. توالی دی ان ای موجودات با استفاده از چهار عنصر تعیین می شود. تفاوت در ترتیب قرارگیری این عناصر نسبت به هم، عامل بروز ویژگی های متفاوت در موجودات است. تکنولوژی هایی که به بررسی ژنوم موجودات پرداخته و سعی در شناسایی عناصر و ترتیب آن ها نس...
15 صفحه اولبررسی ساختار ژنتیکی ماهی صبور (Tenualosa ilisha) آب های خلیج فارس و ساحل غربی مالزی با استفاده از توالی یابی ژنوم میتوکندری
مقاله حاضر به منظور ارزیابی ذخایر ژنتیکی ماهی صبور (Tenualosa ilisha) انجام شد. نواحی مورد نظر از سواحل ایرانی خلیج فارس (استان های خوزستان و بوشهر) و ایستگاه ساحل غربی مالزی به عنوان برون گروه انتخاب گردیدند. ابتدا آنالیز ژنوم میتوکندری از ناحیه D-loop برای تعداد ٨٦ نمونه از گونه مذکور انجام گرفت. سپس قطعات تکثیر شده توالی یابی گردیده و آنالیز ژنتیکی با استفاده از نرم افزارهای BioEdit، MEGA...
متن کاملمطالعة ساختار ژنتیکی اسب‌های بومی ایران با استفاده از توالی D-loop ژنوم میتوکندری
در این مطالعه، به منظور آگاهی از ساختار ژنتیکی اسب‌های بومی ایران در مقایسه با نمونه‌های خارجی، نمونه‌های خون از 95 رأس اسب از جمعیت‌های متعدد نقاط مختلف کشور و 114 توالی D-loop میتوکندری از بانک اطلاعات ژنوم بدست آمد. DNA کلیة نمونه‌های بومی با استفاده از روش شستشوی نمکی استخراج شده و بعنوان الگو برای تکثیر و تعیین توالی ناحیة D-loop ژنوم میتوکندری بکار برده شدند. با آنالیز توالی قطعة 247 جفت ...
متن کاملتوالی یابی نسل جدید (NGS) روشی برای شناسایی جهش های ژنتیکی مرتبط با اختلال اسپینابیفیدا
Background and Objective: Spina Bifida (SB) is a congenital malformation and is a result of the failure of the closure and failure of the neural tube. The causes and mechanisms of genetic involvement involved in the onset of SB are still ambiguous. The present study addresses the genetic variation in SB disease using Next Generation Sequencing (NGS) as a powerful molecular tool for comprehensiv...
متن کاملکاهش بعد داده‌های توالی جایگاه‌های پیوند روی ژنوم انسان با استفاده از شبکه‌ی عصبی عمیق اتوانکودر
استفاده از توالیهای نوکلئوتیدی ژنوم به عنوان سیگنالهای بیوشیمیایی در روشهای یادگیری ماشین، با تبدیل این توالیها به کدهای عددی امکانپذیر است و این تبدیل باعث افزایش غیرواقعی بعد دادهها شده و انجام عملیاتهای تحلیل داده، مانند بصریسازی و استخراج ویژگی را با محدودیتهایی روبه‌رو میسازد. از این‌رو، باید با استفاده از روشهای کاهش بعد، دادهها را به فضای واقعی برگرداند. در این پژوهش از یک شب...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
نوع سند: پایان نامه
وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه مازندران - دانشکده ریاضی
کلمات کلیدی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023